Udokumentowana historia rodziny von Scheliha sięga prawie tysiąca lat i zawsze była związana ze Śląskiem. Jego ziemiańscy przodkowie byli wysokimi pruskimi urzędnikami i oficerami. Jego matka, Elisabeth, była natomiast córką ówczesnego wieloletniego nadburmistrza Frankfurtu nad Menem, a później pruskiego ministra finansów, dr. iur. h. c. Johannes von Miquel.
Udokumentowana historia rodziny von Scheliha sięga prawie tysiąca lat i zawsze była związana ze Śląskiem. Jego ziemiańscy przodkowie byli wysokimi pruskimi urzędnikami i oficerami. Jego matka, Elisabeth, była natomiast córką ówczesnego wieloletniego nadburmistrza Frankfurtu nad Menem, a później pruskiego ministra finansów, dr. iur. h. c. Johannes von Miquel. W historii Niemiec zajmuje trwałe miejsce, jako autor i promotor reformy podatków państwa.
Sam Rudolf von Scheliha urodził się 31 maja 1897 w majątku Cieśle (Zessel) koło Oleśnicy. W tym też powiatowym miasteczku uczęszczał też do gimnazjum i tam w 1915 roku robi maturę. Zaraz potem melduje się jako ochotnik do wojska. W czasie jednego z militarnych starć na froncie zachodnim zostaje wskutek obstrzału przysypany wraz z dwoma przyjaciółmi. Byli to arystokraci z najbliższego sąsiedztwa, hrabiowie Heinrich i Fabian von Reichenbach-Goschütz. Rudolf von Scheliha widział, jak jego towarzysze stracili życie. To wydarzenie sprawiło, że stał się na całe dalsze życie zdecydowanym pacyfistą. Nie przeszkodziło mu to jednak w otrzymaniu krzyża żelaznego I i II klasy. Wojnę kończy w stopniu oficera rezerwy.
W grudniu 1918 roku podejmuje studia na Wydziale Prawa Uniwersytetu Wrocławskiego. Później przynosi się na uniwersytet w Heidelbergu, gdzie angażuje się w organizacjach studenckich. Scheliha zostaje wybrany do zarządu ich związku (Vereinigung Heidelberger Verbindungen). Z tej pozycji angażuje się w obronę środowisk żydowskich zagrożonych antysemickimi ekscesami twierdząc, że tolerancja stanowi fundament istnienia państwa. Studia kończy w 1922 roku z tytułem doktora.
Jeszcze podczas studiów, kierując się patriotycznymi pobudkami, bierze aktywny udział po stronie niemieckiej w walkach III Powstania Śląskiego w okolicach Góry Św. Anny. Na temat miejsc, gdzie walczył, czy jego oddziałów niewiele wiadomo. Żona, Maria Luise von Scheliha przypomina sobie, że Rudolf często wspomniał jeden z epizodów walk. Jego oddział miał zostać tak poważnie zagrożony przez wojska powstańcze, a on sam uratował swoje życie przepływając wpław Odrę. Woda w maju była tak zimna, że owa ucieczka stała się dla niego traumatycznym przeżyciem, które zostało ma w pamięci na całe dalsze życie.
W 1922 rozpoczyna pracę w przedstawicielstwie handlowym niemieckiego MSZ w Hamburgu, a w roku 1924 zostaje przyjęty ostatecznie do służby dyplomatycznej. W następnych latach pracuje w przedstawicielstwach Niemiec w Pradze, Konstantynopolu, Ankarze, i w Brnie. W 1927 otrzymuje tytuł Legationsrat. W tym samym czasie żeni się z Marie Louise von Medinger, córką ziemianina i przemysłowca. Z tego małżeństwa urodzą się później dwie córki.
Dnia 13 czerwca 1929 roku Scheliha obejmuje funkcje wicekonsula w Konsulacie Generalnym Niemiec w Katowicach. Było to czasy, kiedy stosunki polsko-niemieckie w tym regionie były bardzo napięte, a nikt specjalnie kompromisowymi rozwiązaniami nie był zainteresowany. Rudolf von Scheliha szuka jednak porozumienia i to na zupełnie innej płaszczyźnie. W Katowicach prowadzi otwarty dom, gdzie zapraszał na towarzyskie spotkania przedstawicieli polskich elit, zwłaszcza z kół arystokratycznych. Płaszczyzną porozumienia było poczucie wspólnoty i solidarności tych środowisk, które wykształciły się na przestrzeni wieków. Odwoływał się do systemów wartości i wzajemnych relacji, które miały ponad narodowy charakter. Te kontakty okazały się później skutecznym kluczem do rozwiązywania wielu konfliktów.
W roku 1932 zostaje przeniesiony do ambasady Niemiec w Warszawie. Początkowo w faszyzmie nie upatruje żadnego zagrożenia, stąd też bez oporów 01.07.1933 roku wstępuje do NSDAP. W ambasadzie jest odpowiedzialny za zadania związane z protokołem dyplomatycznym. Kiedy od 1934 do Warszawy coraz częściej przyjeżdżają hitlerowscy dygnitarze, organizuje im spotkania z przedstawicielami najwyższych polskich władz. W tych rozmowach towarzyszy między innymi Hermanowi Göringowi, Joachimowi von Ribbentrop czy Josefowi Goebbelsowi. Niemieckie elity starał się wówczas pozyskać polskie władze do wspólnej krucjaty na wschód.
W Warszawie kontynuował również swoje bliskie kontakty z przedstawicielami polskiej arystokracji. I tu wspólnym fundamentem był podobny styl życia. Niedziele spędzał często na wizytach w na polskich dworach. Bywał u księcia Eugeniusza Lubomirskiego, czy u księżnej Sapieha. Chętnie wyjeżdżał do hrabiego Remblińskiego z Krośniewic, czy hrabiego Konstantego Przeździeckiego z Woropajewa koło Wilna. Szczególnie bliska przyjaźń połączyła go z Konstantynem (Kotem) Bnińskim, który miał posiadłość w Samostrzelu koło Wyrzyska. Bniński mówił po niemiecku jak berlińczyk i utrzymywał bliskie kontakty z różnymi dyplomatami w Warszawie. Scheliha zaprzyjaźniony jest z polskimi intelektualistami i dziennikarzami, wielu z nich jest Żydami. Spotkania z przedstawicielami polskich elit służyły również zbliżeniu i próbom rozwiązywania konfliktów. Był to także symbiotyczny związek polegający na wymianie informacji. Scheliha uchodzi za miłego w obejściu człowieka o przyjaznym stosunku do otoczenia. Zawsze też gotowy był do niesienna innym pomocy, kiedy było to potrzebne. Z czasem miało się okazać, że powstały wówczas autentyczne przyjaźnie.
W tym czasie nawiązuje się przyjaźń między Schelihą a Wysokim Komisarzem Ligi Narodów w Gdańsku, Carlem Burckhardt. Szwajcar był częstym gościem w ambasadzie Niemiec w Warszawie, Scheliha chętnie też jeździł do niego do Gdańska. Znajomość okazał się dla jego późniejszej konspiracyjne działalności podczas wojny bardzo ważna, podobnie jak z obydwoma ówczesnymi najbliższymi współpracownikami w warszawskiej ambasadzie, z Adolfem von Moltke i John von Wühlisch. Ponieważ wszyscy trzej pochodzili z Opola, można powiedzieć, że to Opolanie w latach trzydziestych zdominowali niemiecką ambasadę w Warszawie. Być może te wspólne geograficzne korzenie ich też tak silnie razem związały. Związała ich przyjaźń, która przetrwała lata i stała się fundamentem późniejszej konspiracyjnej współpracy po 1939 roku.
Jednym z zaufanych przyjaciół Schelihy był Rudolf Herrnstadt. Już wówczas pracujący dla radzieckiego GRU Herrnstadt postrzegał śląskiego arystokratę jako cenne źródło informacji. Ponieważ Scheliha miał zdecydowanie antykomunistyczną i antyradziecką postawę, Herrnstadt kamuflował się twierdząc, że jest brytyjskim agentem Secret Service. Scheliha bez większych oporów przyjął propozycje informowania rządu Wielkiej Brytanii o agresywnych planach środowisk rządowych III Rzeszy. Śląski dyplomata już w latach 30-tych stał się zdecydowanym przeciwnikiem narodowego socjalizmu, dlatego gotów był przystać na każdą formę szkodzenia narodowemu socjalizmowi. Że ujawniane przez niego informacje przekazywane były do Moskwy, Scheliha nie miał oczywiści pojęcia. Herrnstadt otrzymywał od niego informacje o pryncypiach polityki zagranicznej Rzeszy, o sytuacji ekonomicznej państwa, o poleceniach berlińskiego MSZ kierowanych do ambasady w Warszawie. Rosyjski historyk Vladimir Lota twierdzi, że Scheliha za informacje te rzekomo otrzymywał pieniądze. Na ile informacje rosyjskiego badacza są prawdziwe, tego niemieckim historykom nie udało się potwierdzić.
Interesujące jest to, że z radzieckich źródeł wynika, że Scheliha rzeczywiście nie miał nawet cienia podejrzeń, że pracuje dla GRU. Był bez wątpliwości przekonany, że Herrnstadt jest brytyjskim agentem. Skąd inąd jego kontakt z polskimi i żydowskimi środowiskami stały się w 1938 roku przedmiotem denuncjacji. Ale niemiecki ambasador w Warszawie, Adolf von Moltke potrafił go wybronić bez większego trudu.
Jeszcze przed ostateczną kapitulacją miasta, dnia 27 września 1939 Scheliha przyleciał samolotem Luftwaffe w okolice Warszawy. Chciał koniecznie pojechać do Polski, żeby się na własne oczy przekonać, jakich zniszczeń dokonano na skutek działań wojennych. Niepokoił go również losy jego polskich przyjaciół. Tym, co zastał w Warszawie, był wstrząśnięty. Nie tylko ruiny miasta i wielka liczba ofiar, ale również prześladowania polityczne elit, które natychmiast zostały wprowadzone budziły w nim oburzenie. Proponowano mu eksponowane stanowisko w aparacie okupacyjnym, ale zdecydowanie odmówił. Nie potrafił sobie wyobrazić swojego udział w zbrodniach, których stał się świadkiem. Nie widział żadnej możliwości, żeby się im przeciwstawić.
Kilka miesięcy po powrocie do Berlina śląski arystokrata przeniesiony zostaje do nowo powstałego Wydziału Informacyjnego Ministerstwa Spraw Zagranicznych. W tym wydziale zatrudnionych zostało wiele osób, które bynajmniej nie podzielały fascynacji faszyzmem. Tutaj też kilka lat później odbywać się będą przygotowania do zamachu stanu z 20 lipca 1944 roku.
Scheliha obejmuje 1 stycznia 1940 r. kierownictwo samodzielnego referatu „Obserwacja i zwalczanie polskich prowokacji propagandowych.” (Beobachtung und Bekämpfung der polnischen Hetzpropaganda). Z racji tej funkcji otrzymywał na bieżąco aktualne informacje na temat wydarzeniach w okupowanej Polsce. Pochodziły one zarówno ze źródeł Wehrmachtu jak i policji, a otrzymywał je wprost na podstawie rozdzielnika. Miał nieograniczony dostęp do zakazanych w III Rzeszy zachodnich czasopism i stenogramów alianckich audycji radiowych. Londyński „Times”, czy „Neue Züricher Zeitung” otrzymywał codziennie i brał je nawet do domu.
Zadaniem jego referatu było dementowanie doniesień zachodniej prasy i radia na temat sytuacji w Polsce. Z urzędu niejako konfrontował odpowiedzialnych funkcjonariuszy z zagranicznymi doniesieniami. Prosił ich o dowody na to, że przedstawione w zagranicznych mediach fakty były nieprawdziwe. Domagał się od nich wyjaśnień, prosił o argumenty, w jaki sposób można takie „kłamstwa” zakwestionować. Stawiało to funkcjonariuszy gestapo i okupacyjnej administracji w nieprzyjemnej sytuacji, bo musieli się pisemnie tłumaczyć z przeprowadzonych aktów terroru. Uświadamiało im też, że ich działania nie pozostają w tajemnicy.
Poglądy Schelihy ulegały z czasem ewolucji. Jeżeli na początku lat trzydziestych gotów był się z faszyzmem pogodzić, to z czasem jego irytacja działaniami III Rzeszy była coraz silniejsza. Ale dopiero początek wojny przyczynił się do prawdziwego przełom w jego politycznej orientacji. Coraz liczniejsze doniesienia o aktach okrucieństwa w Polsce spowodowały, że stał się radykalnym wrogiem systemu. Niemiecki historyk Hans Kloth uważa, że Scheliha świadomie tak manipulował informacjami prasowymi, ze wręcz prowokował zachodnią prasę do kolejnych ataków na politykę okupacyjną w Polsce. Ale Scheliha postanowił w swoich antyreżimowych działaniach iść jeszcze dalej. Aktywnie rozwijał konspiracyjne kontakty, by przekazywać różnym alianckim agendom rządowym tajne informacje o popełnianych w Polsce zbrodniach. Dla przykładu utrzymywał konspiracyjne kontakty z dziennikarzem żydowskiego pochodzenia Immanuelem Birnbaumem, który wyemigrował do Szwecji. To jemu przekazywał wiele poufnych informacji na temat terroru w okupowanej Polsce. Scheliha korzystał również z dawnych kontaktów w środowisku dyplomatów krajów neutralnych. Ponieważ z nimi wolno było utrzymywać kontakty, starał się budzić w nich zainteresowanie sytuacją w okupowanej Polsce.
Po 1939 roku starał się kontynuować współpracę z Rudolfem Herrnstadt. Stała się ona jednak niewspółmiernie trudniejsza. Herrnstadt wyemigrował do Związku Radzieckiego, a Scheliha przeniesiony został do pracy w ministerstwie w Berlinie. Teraz łączniczką między nimi stać się miała Ilse Stöbe, wieloletnia, życiowa partnerka Herrnstadta. Po jakimś czasie została ona zatrudniona w MSZ w Berlinie i to ona przekazywała uzyskane od Schelihy informacje do Moskwy. Sam Scheliha tkwił dalej w głębokim przekonaniu, że pracuje dalej na rzecz brytyjskiego wywiadu.
Swoje działania Scheliha prowadzi na tyle umiejętnie, że w 1941 roku awansuje na kierownika referatu Mittel-, Nord- und Osteuropa w Wydziale Informacyjnym. Z racji tej pozycji posiada jeszcze bardziej rozległą wiedze na temat zbrodniczych akcji SS i policji na terenach okupowanych.
Scheliha podejmuje również inne działania na rzecz pomocy dla zagrożonych osób. Przedstawiciele polskiej arystokracji w zrozumiały sposób zwracali się do Schelihy z prośbą o obronę przed okupacyjną administracją. Jako kierownik referatu w Wydziale Informacyjnym MSZ rzeczywiście miał Scheliha ku temu wiele możliwości. Mógł nie tylko w nieskrępowany sposób zasięgać informacji co do losów osób uwięzionych, ale również interweniować w ich sprawie w RSHA. I rzeczywiście, działania te były skuteczne i udało mu się wielu przedstawicieli polskich elit uratować przed pewną zagładą. Bronił ich interesów argumentując, że represje wobec tych osób szkodzą wizerunkowi Niemiec za granicą.
Wiadomo między innymi, że Scheliha umożliwił księciu Olgierdowi Czartoryskiemu ucieczkę do Szwajcarii, a hrabiemu Łubieńskiemu pomógł uratować cześć jego majątku. Księciu Ksaweremu Druckiemu-Lubeckiemu umożliwił pracę w charakterze eksperta rolniczego w Niemczech i uratował mu w ten sposób życie. Księżnej Teresie Sapieha-Różański z domu Lubomirska umożliwił wyjazd w styczniu 1940 roku do Włoch.
Hrabina Elżbieta von Oppersdorff, która posiada wiele rodzinnych powiązań w Polsce, zapewniała jeszcze w latach 80 tych pisemnie, że Scheliha „pomagał wielu Polakom, również moim krewnym” Hrabina Gabriela Thun und Hohenstein z domu księżna Lobkowicz przypomina sobie, że Scheliha pomagała jej w wielu akcjach pomocy dla Polaków uwięzionych w obozach koncentracyjnych.
Wiadomo również, że Scheliha umożliwił potajemny wywóz znacznej ilości kosztowności i biżuterii polskiej arystokracji do Szwajcarii, żeby umożliwić tym ludziom egzystencje. Posługiwał się tu bagażem dyplomatycznym, co nie uszło uwadze urzędników w biurze kurierów niemieckiego MSZ. Nie zadenuncjowali wówczas Schelihy, ale potwierdzili te działania po wojnie. Były kierownik Wydziału Informacyjnego berlińskiego MSZ z czasów Ribbentropa, Rudolf Rahm w swoich powojennych wspomnieniach pisze również, „że Schliha nie potrafił zapanować na swoją sympatią do polskiej arystokracji i pozwalał sobą do tego stopnia manipulować, że wywoził ich rodzinne kosztowności w bagażu dyplomatycznym do Szwajcarii.
Kolejny etap dramatu polskiej inteligencji zaczął się latem 1941 roku po zajęciu przez Wehrmacht Lwowa. Wielu wybitnych Polaków zostało zamordowanych, a ich majątki rozgrabione. Scheliha zdaje sobie sprawę, ze nie może pomóc wszystkim, ale we wrześniu 1941 roku podejmuje działania na rzeczy uratowania całego szeregu wybitnych postaci. Zwrócił się do RSHA w Berlinie z prośbą o postawienie grupy 22 przedstawicieli polskiej, lwowskiej inteligencji pod specjalną policyjną ochronę. Ich zadaniem miało być rzekomo pisanie memoriałów o zbrodniach radzieckich popełnionych podczas okupacji Wschodniej Polski w latach 1939 do 1941 przez oddziały Armii Czerwonej. Teksty te miały zostać wykorzystane do celów propagandowych zarówno w Niemczech jak i za granicą. RSHA wyraziło na tą operacje zgodę.
Na liście Schelihy znalazł się między innymi Andrzej Szeptycki, greckokatolicki arcybiskup metropolita lwowski i halicki, który ukrywał około 200 żydowskich dzieci w podległych mu klasztorach, z czego 21 w jego własnej katedrze. Podejmował również działania na rzecz przekazywania konspiracyjnych informacji o zbrodniach niemieckich na terenach okupowanych do Watykanu. Na liście Schelihy znajdował się również wybitny historyk sztuki, profesor uniwersytetu Lwowskiego Mieczysław Gębarowicz i prof. Franciszek Groer. Groer był dyrektorem kliniki dziecięcej we Lwowie i cudem uszedł z życiem z masakry polskiej inteligencji przeprowadzonej przez niemieckie oddziały. Mało prawdopodobne, żeby Groer był specjalnie zainteresowany w pomocy berlińskiemu reżimowi. Również Susanne Kienlechner uważa, że lista ta byłą wyłącznie pretekstem do ratowania tych osób.
Zaangażowanie Schelihy w pomoc dla polskiej arystokracji potwierdzało po wojnie wielu dyplomatów, którzy się z nim wcześniej zetknęli. Dla przykładu ambasador Republiki Federalnej Niemiec w Portugalii, pochodzący z Chorzowa Herbert Schaffarczyk potwierdzał, że „wielu przedstawicieli polskich kręgów arystokratycznych prosiło go pomoc, a on starał się jej nigdy nie odmawiać.” Bernd von Schwarzenstein pisał, że Scheliha „należał do tej grupy ludzi, którzy gotowi byli wziąć na siebie każde ryzyko, by pomagać zagrożonym osobom,„ Również pochodzący z Głuchowa Górnego koło Trzebnicy dyplomata i zasłużony dysydent III Rzeszy, Albrecht von Kessel twierdził, ze Schliha z „uporem i z wielkim ryzykiem dla swojego własnego bezpieczeństwa ratował przedstawicieli polskiej arystokracji przez represjami ze strony gestapo i SS.”
Wiele wskazuje na to, że Scheliha miał swój znaczący udział w opracowaniu dokumentu „The Nazi Kultur in Poland“ dla polskiego rządu emigracyjnego w Londynie. Jest to biała księga zbrodni popełnionych przez Niemców w okupowanej Polsce w latach 1939 do 1942. Praca ta przedstawia prześladowania kościoła, szkolnictwa, pracowników uniwersytetów, rabunku bibliotek, rozkradania archiwów, muzeów i prywatnych kolekcji, prześladowań ludzi teatru sztuki, dziennikarzy. Autorstwo wszystkich elementów nie zostało do końca ustalone. Susanne Kienlechner jest przekonana, że Scheliha i jego przyjaciel z czasów pracy w ambasadzie Niemiec w Warszawie, John von Wühlisch mieli poważny udział przy tworzeniu tego dokumentu. Jej zdaniem to Scheliha był nawet jednym z inicjatorów i współautorów tego dokumentu.
Jej zdaniem zaskakuje w tej pracy precyzja informacji dotycząca struktur hitlerowskiego aparatu władzy, które dla osób z zewnątrz byłyby nieosiągalne. Trafna jest wykładnia polityki okupacyjnej, szczegóły kradzieży i zniszczeń polskich dóbr instytucji kultur, ale i losów zrabowanych dział sztuki. W dokumencie z dużą precyzją określone są nazwiska zarówno sprawców terrorystycznych akcji jak i ich ofiar. Zawiera on zdjęcia, całe strony hitlerowskich gazet. Zdobycie tych wszystkich informacji było skomplikowanym przedsięwzięciem logistycznym i finansowym. Materiał ten został starannie naukowo opracowany, a wyniki pracy zmikrofilmowane. Wszystko to wymagało technologicznie skomplikowanych i kosztownych technik. Opracowanie dokumentu ukończone zostało w styczniu 1942 roku i wywiezione na Zachód.
Susanne Kienlechner uważa, że jednym z głównych organizatorów tego przedsięwzięcia był bliski przyjaciel Schelihy, hrabia Konstanty (Kot) Bniński. I to jego Scheliha ściągnął do Berlina jesienią 1941 roku pod pretekstem pisania propagandowych tekstów i zatrudnił go w niemieckim MSZ. To jednak, żeby Bniński gotów był pracować dla narodowo socjalistycznego reżimu, zwłaszcza w sytuacji, kiedy faszyści zrabowali mu cały majątek i kolekcje dzieł sztuki, wydaje się mało prawdopodobne. Kienlechner uważa natomiast, że Scheliha zatrudnił go do opracowania dokumentu „The Nazi Kultur in Poland“ dla Rządu Polskiego w Londynie. W napisanym już w Wielkiej Brytanii wstępie do tej pracy mowa jest szczególnej roli dla jej powstania pewnego młodego dżentelmena, posługującego się nienagannym niemieckim i często podróżującego pomiędzy Warszawa a Rzeszą. Wydaje się, że jest to czytelna aluzja do Bnińskiego, który w dyplomatyczny bagażu przywoził sobie do Berlina materiały potrzebne do redagowania „The Nazi Kultur in Poland“.
Scheliha utrzymywał kontakty z innymi Polakami, o których można by sądzić, że miały również powiązania z organizacją Muszkieterów. W połowie czerwca 1941 roku odwiedziła go dla przykładu hrabina Mańkowska. Wiadomo też, że pokazywał jej zdjęcia rozbudowywanego obozu w Oświęcimiu i sugerował konieczność przekazania tych informacji do Londynu. Scheliha utrzymywał również kontakty z księżną Teresa Sapiehą-Różański, z domu księżniczką Lubomirską.
Scheliha był przypuszczalnie pierwszą osobą, która wywiozła na zachód przemówienie biskupa hrabiego Gallena, w którym napiętnował on eutanazje. Tekst tego znanego kazania przetłumaczony został potem na wiele języków i cytowany przez alianckie rozgłośnie radiowe.
Scheliha zaangażował się również w przekazanie aliantom informacji na temat planowanej zagłady Żydów. Otóż Obergruppenführer SS Reinhard Heydrich zaprosił na 20 stycznia 1942 roku wysokich urzędników różnych resortów i kierowników wydziałów do pałacyku przy ulicy Am Großen Wannsee 56 na spotkanie, które przeszło do historii pod nazwą Konferencji w Wannsee. Celem spotkania miało być ustalenie fundamentów organizacji zagłady Żydów mieszkających w obszarze administrowanym przez III Rzeszę. Scheliha został zaangażowany w proces przygotowania tego spotkania i uczestniczył w naradach je poprzedzających. Stąd szczegóły planowanego przedsięwzięcia znał niejako z pierwszej ręki. Później był również informowany o stanie realizacji postanowień Konferencji.
Planami zagłady Żydów Scheliha był wstrząśnięty. Z czasów jego pracy w ambasadzie Niemiec w Warszawie zaprzyjaźniony był z ówczesnym przedstawicielem Ligi Narodów w Gdańsku, Szwajcarem Carlem Burckhardem. Przyjaźń ta przetrwałą próbę czasu i Scheliha spotykał się z nim również podczas wojny. Dlatego też szukał u niego pomocy w upublicznienia tych planów. Biograf Schelihy Sahm uważa, że i w tej sprawie śląski arystokrata był pierwszy, który poinformował aliantów o planowanej zbrodni. Opinie ta podzielają również inni historycy.
Z czasem Scheliha dochodzi do wniosku, że jego propagandowe, ograniczone działania niewiele zmieniają i że jedynym rozwiązaniem jest obalenie reżimu. Zaczyna się spotykać z ludźmi, którzy później będą przygotować zamach stanu. Utrzymuje kontakty z Henningiem von Tresckow, Ulrichem von Hassel, hrabią Friedrichem-Wernerem von der Schulenburg, hrabią Heinrich von Lehndorff-Steinort. Jego biograf Ulrich Sahm jest przekonany, że nie tylko wiedział o przygotowaniach o pracy opozycji antyhitlerowskiej, ale wręcz sam w tych działaniach uczestniczył.
Jego negatywny stosunek do faszyzmu nie przeszkadza jednak w jego dalszych awansach. W lipcu 1942 Adolf Hitler osobiście podpisuje jego nominacje na najwyższą rangę urzędniczą w Ministerstwie Spraw Zagranicznych (Legationsrat der I Klasse), co uprawniało go do pełnienia funkcji ambasadora. Przez pewien czas powierzono mu kierownictwo całego Wydziału Informacyjnego MSZ. Otwarła się przed nim możliwość trwałego opuszczenia Rzeszy. Ambasador Rzeszy w Turcji, Franz von Papen, proponował mu wyeksponowane stanowisko w swojej ambasadzie. Scheliha odmówił, ponieważ uważał, że jest w Niemczech potrzebny do wspierania konspiracyjnych działań.
Scheliha nie zdawał sobie sprawy, że nad jego głową zaczęły się zbierać czarne chmury. Po napaści na Związek Radziecki urwały się kontakty Ilse Stöbe z Rudolfem Herrnstadt i radzieckimi służbami specjalnymi. Stöbe była dla Związku Radzieckiego jednak wyjątkowo cennym źródłem informacji. Dlatego już w 1941 roku GRU podejmowano różne próby nawiązania z nią kontaktu. W dalece nieostrożny sposób jej nazwisko i adres zostało nadane drogą radiową. Kilka miesięcy później Gestapo udało się ten radiogram odszyfrować. A Ilse Stöbe w wyniku tej informacji aresztowana. Na skutek prowokacji gestapo GRU wysłało do Niemiec emisariusza, któremu polecono tym razem nawiązanie kontaktów z Rudolfem von Scheliha. Emisariusz miał również jego adres. Po uzyskaniu od niego informacji 29.10.42 roku aresztowano również Schelihę. Dokonano tego w biurze dyrektora personalnego niemieckiego MSZ.
Śledztwo przeciwko Schelihe prowadził fanatyczny narodowy socjalista, Manfred Roeder, który skąd inąd doprowadził do śmierci wielu przedstawicieli opozycji antyhitlerowskiej. Przeciwko Schelihę prowadzono je w trybie zaostrzonym, ale Roeder się w ten sposób niewiele nowego dowiedział. Również dokumenty, które miały świadczyć o rzekomym przyjmowaniu pieniędzy przez Schelihę z rąk radzieckiego wywiadu albo zostały całkowicie sfingowane, albo były tak wieloznaczne, że nie stanowiły jakiegoś przekonywującego dowodu. Niestety nie zachowały się żadne kopie, czy informacje o dokładnej zawartości tych dokumentów. Jedynym materiałem obciążającym Schelihe były jego własne zeznania wymuszone przez tortury. Przewód prowadził sędzia Alexander Kraell, który na okoliczność tego procesu był po wojnie wielokrotnie przesłuchiwany. Z jego zeznań wynikało, że sąd w 1942 roku nie dysponował żadnymi przekonywującymi dowodami na współpracę Schelihy z radzieckim wywiadem oprócz faktu, że GRU upatrywało w nim potencjalnego informatora. Mimo to podczas krótkiej rozprawy, która odbyła się 14.12.42 roku, skazano Rudolfa Schelihę wraz z Ilse Stöbe na karę śmierci.
Do rozprawy nie dopuszczono kierownika wydziału personalnego MSZ, Hansa Schroedera. Wziął w niej udział natomiast kierownik wydziału prawnego tego ministerstwa Erich Albrecht. Po wojnie miał on Schröderowi oświadczyć, że proces przeciwko Schelihe był jednoznacznie morderstwem sądowym. Jedyne, co Roeder potrafił śląskiemu arystokracie udowodnić, to niedyskrecje w rozmowach z współpracownicą MSZ, Ilse Stöbe. A to mogło być powodem co najwyżej do wewnętrznego postępowania dyscyplinarnego w MSZ. Do wymierzenia kary śmierci sąd nie miał w żaden sposób podstaw. Scheliha zostaje zamordowany 22 grudnia 1942 roku późnym popołudniem. Było to osobiste polecenie Hitlera, żeby Scheliha powiesić, a nie gilotynować, razem z nim zamordowano też Ilse Stöbe.
W przypadku Schelihy gestapo dokonało różnych manipulacji. To, że radziecki wywiad usiłował odnaleźć Ilse Stöbe, dalece nie było dowodem na to, że była agentką GRU. A tym bardziej, że współpracowała z Czerwoną Kapelą, której powiązań z GRU również w żaden sposób nie udowodniono. Gestapo połączyło sprawy Czerwonej Kapeli, Stöbe i Schelihey, do czego nie było już zupełnie żadnych podstaw. Oficjalnie został on skazany na śmierć właśnie za współudział w pracach Czerwonej Kapeli, o istnieniu której nie miał przypuszczalnie w ogóle pojęcia.
Nie ulega wątpliwości, że Scheliha był funkcjonariuszom gestapo od dawna solą w oku. I to z wielu powodów. Jego ciągłe i natrętne żądania wyjaśnień o powody dla przeprowadzanych akcji terroru, uwagi o międzynarodowych konsekwencjach takich działań, nie były dla nich przyjemne. Jego ostentacyjnie demonstrowana antyfaszystowska postawa i nieustające kontaktami z dawnymi, polskim znajomymi musiały irytować. Aresztowania wśród środowisk robotniczych nie nastręczały gestapo żadnych problemów. Ale policyjne represje wobec elit III Rzeszy przed 20 lipca 1944 należały do absolutnej rzadkości. Toteż funkcjonariusze gestapo musieli długo z zaciśniętym zębami przyglądać się poczynaniom Schelihy. Wszystko to jednak nie byłoby powodem jego zamordowania.
Wydaje się, że zamordowano go z zupełnie innego powodu. Susanne Kienlechner uważa, że Rudolf von Scheliha został zlikwidowany w związku z dekonspiracją procesu powstawania dokumentu „Nazi Kultur in Poland”. Uważa ona, że Gestapo udało się wprowadzić do polskiego ruchu oporu konfidenta, który ustalił jego autorów. Przypuszczalnie by uchronić go przed dekonspiracją zrezygnowano w tej sprawie z oficjalnego śledztwa.
W związku ze sprawą Schelihy gestapo przesłuchiwało jesienią 1942 roku Carla Helfricha. Już po wojnie złożył on pisemne oświadczenie, w którym odniósł się do tamtych wydarzeń. Twierdził on, że podczas przesłuchań na Gestapo mówiono mu o zamiarach zarówno wobec ambasadora Adolfa von Moltke jak i Johnna von Wühlicha. Mieli oni zostać aresztowani w związku z niedozwolonymi kontaktami z polskim ruchem oporu. Z planów tych najwidoczniej zrezygnowano, ale ich obu przypuszczalnie zamordowano. John von Wühlich umarł z niewyjaśnionych przyczyn w berlińskim szpitalu już w 27 stycznia 1943 roku. Można też przypuszczać, że przy o powstawaniu tego dokumentu wiedział przynajmniej były ambasador Niemiec w Warszawie, hrabia Adolf von Moltke. Był on z Scheliha zaprzyjaźniony i niewątpliwie wrogiem terroru stosowanego przez Niemców w okupowanej Polsce. Również Moltke umarł z niewyjaśnionych przyczyn kilka miesięcy później.
W podobny, choć nieco inny sposób zlikwidowano Schelihę, posądzając go o kontakty z Czerwoną Kapelą. Carl Helfrich w swoich powojennych zeznaniach twierdził podobnie, że najważniejsze zarzuty jakie stawiano Schelihe, były to kontakty z polskim ruchem oporu. Oskarżenie go o kontakty z radzieckim wywiadem miało jeszcze tą dodatkową zaletę, że Manfred Roeder mógł się prezentować w roli sprawnego pogromcy radzieckiego wywiadu, co dla jego dalszej kariery nie pozostało bez znaczenia.
Ponieważ Scheliha w kręgach międzynarodowych był osobą znaną, jego śmierć wzbudziła naturalne zainteresowanie również poza granicami Niemiec. Między innymi korespondent „Frankfurter Zeitung” w Sztokholmie, Heinz Pentzlin próbował prywatnymi kanałami uzyskać informacje o tym, jakie zarzuty tak naprawdę postawiano Rudolfowi von Scheliha. Pentzlin otrzymał poufne informacje, że został on powieszony „jako zdrajca, ponieważ używał swoich powiązań w Szwajcarii, by przekazywać aliantom informacje na temat niemieckiego terroru w okupowanej Polsce.”
Również w Londynie panował pogląd, że Scheliha został zamordowany za nadużywanie bagażu dyplomatycznego. W londyńskim „Times” ukazał się 2 stycznia 1943 roku ukazał się artykuł, w którym autor twierdził, że Scheliha został zamordowany „za manifestowanie pro polskiej postawy i pomoc wielu polskim rodzinom” Zważywszy na fakt, że Londyn był siedzibą polskiego rządu na emigracji, uwaga taka nie mogła być gołosłowna.
Natomiast żona byłego polskiego ambasadora w Wiedniu, Luciana Frassati – Gawrońska w wydanej długo po wojnie książce wyrażała pogląd, że Scheliha został powieszony za wystawianie nielegalnych paszportów członkom polskiego ruchu oporu.
Rudolf Scheliha był on przypuszczalnie jedynym niemieckim opozycjonistą, któremu udało się nawiązać kontakt z polskim ruchem oporu. W przeciwieństwie do innych przeciwników narodowo socjalistycznego reżimu nie kierowały nim żadne polityczne motywacje. Rebelia nie leżała w jego naturze. Natomiast zachował niezależne myślenie i silny moralny kręgosłup. Tam gdzie działa się komuś krzywda, gotów był go bronić. Jeżeli ktoś potrzebował pomocy, Scheliha starał się nią nieść bez pytania o korzyści czy własne ryzyko, które mogło być z nią związane. Otrzymywał ją po prostu. I bodaj też rodzina żadnego innego opozycjonisty nie musiała znosić po wojnie tylu represji, upokorzeń i dyskryminacji za aktywność podczas wojny, jak w jego przypadku.
